El centro tiene por objeto principal la realización de investigaciones científicas, en el ámbito de la evolución humana durante las épocas del Piloceno y el Pleistoceno. Además, tiene la misión de restaurar y conservar las colecciones procedentes de estos yacimientos arqueológicos y paleontológicos, poniendo especial interés en los hallazgos de los yacimientos de Atapuerca.
Enrique Plaza ha sido el hombre al frente de la Comisión encargada de dar forma al edificio y destacó en una entrevista para el Diario de Burgos "la importancia del edificio, tanto en su arquitectura como en su función". Además explicó que "como contenedor de una actividad científica importante, las primeras joyas son los laboratorios. Se han comprado los mejores equipos para cualquiera de las técnicas que se van a utilizar y todo el que los está viendo con ojos de investigador reconoce que son únicos. Pero también destacan los servicios como el centro de proceso de datos que es magnífico, la sala de audiovisuales,...
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